Struktura e Bibliotekës Qendrore Universitare përbëhet prej Këshillit Drejtues dhe Drejtorit.
Në strukturën e BQU-së gjithashtu përfshihen Divizionet, Shërbimet dhe Zyrat.
KËSHILLI DREJTUES I BQU-së
Përbërja e Këshillit Drejtues
Këshilli Drejtues i Bibliotekës Qendrore Universitare ka 5 anëtarë të cilët i emëron dhe i shkarkon rektori i universitetit.
Këshilli Drejtues ka këtë përbërje:
1. Prof. asoc. dr. Vjosa Hamiti, kryesuese;
2. Prof. ass. dr. Halil Demolli, anëtar;
3. Prof. asoc. dr. Kyvete Shatri, anëtare;
4. Prof. ass. dr. Zahrie Kapllanaj, anëtare;
5. Prof. ass. dr. Islam Pepaj, anëtar.
Detyrat dhe përgjegjësitë e KD-së
Mandati i anëtarëve të Këshillit Drejtues të BQU-së, është 4 vjeçar, me mundësi rizgjedhjeje edhe për një mandat.
Këshilli Drejtues ka këto detyra dhe përgjegjësi:
1. Harton dhe aprovon strategjitë dhe politikat zhvillimore të bibliotekës;
2. Aprovon planin vjetor të punës dhe planin vjetor financiar të bibliotekës;
3. Aprovon raportin vjetor të punës dhe raportin financiar të bibliotekës;
4. Harton statutin e bibliotekës, të cilin e miraton themeluesi;
5. Harton dhe miraton rregulloren e punës së vet;
6. Zgjedh dhe shkarkon kryetarin me shumicë absolute të votave të anëtarëve.
7. Zgjedh dhe shkarkon drejtorin e bibliotekës;
8. I raporton dhe i përgjigjet për punën e tij organit që e emëron.
DREJTORI I BQU-së
Ma.sc. Esat Kelmendi
Detyrat dhe përgjegjësitë
Drejtori i Bibliotekës Qendrore Universitare ka këto detyra dhe përgjegjësi:
1. Udhëheq, organizon dhe mbikëqyrë veprimtarinë dhe funksionimin e bibliotekës;
2. I propozon Këshillit Drejtues planin vjetor dhe planin financiar;
3. I raporton dhe i përgjigjet Këshillit Drejtues;
4. Merr pjesë në mbledhjet e Këshillit Drejtues pa të drejtë vote;
5. Përfaqëson bibliotekën brenda dhe jashtë vendit;
6. Ushtron detyra dhe autorizime tjera në përputhje me legjislacionin në fuqi.
Mandati i drejtorit është 4 vjeçar me mundësi të rizgjedhjes edhe për një mandat.